Research
Theme 1 & 2
www.darwincenter.nl
Project 2012

Ecology of Nonthermophilic Freshwater Crenarchaeota
Project leader: Prof. dr. H. J. Laanbroek
Researcher(s): Dr. E. W. Vissers
Starting date: 1-okt-05

Abstract
Tot voor kort werden Archaea geacht alleen voor te komen onder extreme omstandigheden, zoals die gevonden worden in zoutpannen, in hete bronnen of in de diepe ondergrond. In het laatste decennium is duidelijk geworden dat ze een belangrijke component kunnen zijn van de microbiële gemeenschap in mariene ecosystemen. Daarnaast worden ze ook meer en meer aangetroffen in zoetwaterecosystemen, maar onze kennis over de verspreiding en de diversiteit van de z.g. niet-thermofiele crenarchaeota beperkt zich tot enkele meren. Specifieke membraanlipiden van marine, niet-thermofiel crenarchaeota blijken zeer goed bruikbaar als proxie voor de heersende temperatuur van het zeewater op het moment van groei van deze micro-organismen. Om een dergelijke proxie ook te kunnen gebruiken voor een betrouwbare schatting van de temperatuur op het continent in het verleden, dienen we meer kennis te hebben over de verspreiding en de eigenschappen van zoetwater crenarchaeota, in het bijzonder ten aanzien van de vorming van hun specifieke membraanlipiden in relatie tot de heersende milieuomstandigheden. Het onderhavige voorstel stelt zich ten doel meer kennis te vergaren over de verspreiding, de diversiteit en de eigenschappen van niet-thermofiele, zoetwater crenarchaeota. Daartoe zullen in samenwerking met de nadere partners van het onderzoeksprogramma een Europees transect van meren worden bemonsterd, die onderling verschillen in gemiddelde jaartemperatuur en in eutrofiëringgraad. Van enkele meren zal meer in detail de verspreiding van de crenarchaeota over de diepte en over de seizoenen worden bepaald met moleculairgenetische technieken. Niet-termofiele zoetwater crenarchaeota zullen worden opgehoopt en indien mogelijk worden rein gekweekt. Ophopingculturen en eventueel reinculturen zullen nader worden gekarakteriseerd ten aanzien van hun groei-eigenschappen, waarbij o.a. zal worden gekeken naar de variatie in specifieke membraanlipiden in relatie tot de heersende milieuomstandigheden.

Publications
Elisabeth W. Vissers, Paul L.E. Bodelier, Gerard Muyzer, Hendrikus J. Laanbroek (2009). A nested PCR approach for improved recovery of archaeal 16S rRNA gene fragments from freshwater samples. FEMS microbiology letters298/2: 193-198.
Darwin Center authors: Bodelier P. L. E., Laanbroek H. J., Vissers E. W.

Cornelia I. Blaga, Gert-Jan Reichart, Elisabeth W. Vissers, André F. Lotter, Flavio S. Anselmetti, Jaap S. Sinninghe Damsté (2011). Seasonal changes in glycerol dialkyl glycerol tetraether concentrations and fluxes in a perialpine lake: Implications for the use of the TEX86 and BIT proxies. Geochimica et Cosmochimica ActaVolume 75, Issue 21: 6416-6428.
Darwin Center authors: Blaga C. I., Lotter A. F., Reichart G. J., Sinninghe Damsté J. S., Vissers E. W.

Liesbeth Vissers (2012). Spatial and temporal dynamics of thaumarchaeota.
Darwin Center authors: Vissers E. W.